本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查消费税应纳税额的计算。

进口的应税消费品，实行从价定率办法计算应纳税额的，按照组成计税价格计算纳税，计算公式为：应纳税额=（关税完税价格+关税）÷（1-消费税比例税率）×消费税比例税率。

依据题干数据，进口环节应纳消费税=（3 000+3 000×15%）÷（1-40%）×40%=2 300（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查印花税。

【选项D正确】发电厂与电网之间、电网与电网之间书立的购售电合同，应当按买卖合同税目缴纳印花税。

【选项E正确】企业之间书立的确定买卖关系、明确买卖双方权利义务的订单、要货单等单据，且未另外书立买卖合同的，应当按规定缴纳印花税。

【选项A、B、C错误】下列情形的凭证，不属于印花税征收范围：

（1）人民法院的生效法律文书，仲裁机构的仲裁文书，监察机关的监察文书。

（2）县级以上人民政府及其所属部门按照行政管理权限征收、收回或者补偿安置房地产书立的合同、协议或者行政类文书。

（3）总公司与分公司、分公司与分公司之间书立的作为执行计划使用的凭证。

因此，本题正确答案为选项DE。

本题考查个人所得税的税收优惠。

【选项D错误】个人转让自用5年以上且是唯一家庭生活用房取得的收入，免征个人所得税。

因此，本题正确答案为选项ABCE。