本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查企业所得税税收优惠。

企业按《中华人民共和国残疾人保障法》规定安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，可以在计算应纳税所得额时按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查土地增值税。

开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费【选项A】、开发间接费用。

【选项B、D错误】取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用。房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。

【选项C错误】开发土地和新建房及配套设施的费用，是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查政府干预与政府干预失效。

政府干预失效的原因可能发生在以下诸多方面：

（1）政府决策失误。【选项A】

（2）寻租行为。【选项C】

（3）政府提供信息不及时甚至失真。【选项D】

（4）政府职能的“越位”和“缺位”。【选项E】

【选项B错误】信息不充分和不对称属于市场失灵突出表现。

因此，本题正确答案为选项ACDE。