本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于生产生活服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查分税制财政管理体制的基本问题。

“分事”，是按照一定社会管理和经济体制的要求，在各级政府间划分社会管理权和经济管理权，并以此为依据确定各级政府的预算支出范围。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查政府干预与政府干预失效。

政府干预失效的原因可能发生在以下诸多方面：

（1）政府决策失误。【选项A】

（2）寻租行为。【选项C】

（3）政府提供信息不及时甚至失真。【选项D】

（4）政府职能的“越位”和“缺位”。【选项E】

【选项B错误】信息不充分和不对称属于市场失灵突出表现。

因此，本题正确答案为选项ACDE。

本题考查财政支出的经济影响。

【选项C错误】在安排转移性支出时，政府并没有什么原则可以遵循，其支出规模与结构在相当大的程度上只能根据政府与企业、中央政府与地方政府的协商而定，因此，转移性支出体现的财政分配活动来政府的效益约束是较弱的。

因此，本题正确答案为选项C。