本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查环境保护税。

应税污染物的环境保护税计税依据按照下列方法确定：

（1）应税大气污染物按照污染物排放量折合的污染当量数确定。【选项A错误】

（2）应税水污染物按照污染物排放量折合的污染当量数确定。【选项B错误】

（3）应税固体废物按照固体废物的排放量确定。【选项C正确】

（4）应税噪声按照超过国家规定标准的分贝数确定。【选项D错误】

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查购买性支出。

在国家财政支出项目中，属于社会消费性支出的有行政管理费【选项A】，国防费【选项C】，文教、科学、卫生事业费【选项B】，还有工交商农等部门的事业费等。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查税务登记。

纳税人发生解散、破产、撤销以及其他情形，依法终止纳税义务的，应当在向国家市场监督管理机关或者其他机关办理注销登记前，持有关证件和资料向原税务登记机关申报办理注销税务登记；按规定不需要在市场监督管理部门或者其他机关办理注册登记的，应当自有关机关批准或者宣告终止之日起15日内，持有关证件和资料向原税务登记机关申报办理注销税务登记。

因此，本题正确答案为选项D。