本题考查政府预算模式。

国有资本经营预算的分配主体是作为生产资料所有者代表的政府；它以国有资产的宏观经营并取得宏观经济效益为分配目的，以资产所有权为分配依据；其收支内容基本上是围绕着对经营性国有资产进行价值管理和分配形成的，因而国有资本经营预算属于经营型预算。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查企业所得税税收优惠。

企业按《中华人民共和国残疾人保障法》规定安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，可以在计算应纳税所得额时按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税会计科目的设置。

“已交税金”专栏，记录纳税人当月已缴纳的应交增值税税额。

【选项B错误】“预交增值税”明细科目，核算纳税人转让不动产、提供不动产经营租赁服务、提供建筑服务、采用预收款方式销售自行开发的房地产项目等，以及其他按现行增值税制度规定应预缴的增值税税额。

【选项C错误】“销项税额”专栏，记录纳税人发生应税交易应收取的增值税税额。

【选项D错误】“进项税额转出”专栏，记录纳税人购进的与应税交易相关的货物、服务、无形资产、不动产和金融商品等发生非正常损失以及其他原因而不应从销项税额中抵扣，而应按规定转出的进项税额。

因此，本题正确答案为选项A。