本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查分税制财政管理体制的基本问题。

“分事”，是按照一定社会管理和经济体制的要求，在各级政府间划分社会管理权和经济管理权，并以此为依据确定各级政府的预算支出范围。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查企业所得税税收优惠。

企业按《中华人民共和国残疾人保障法》规定安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，可以在计算应纳税所得额时按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查耕地占用税。

耕地占用税的纳税义务发生时间为纳税人收到自然资源主管部门办理占用耕地手续的书面通知的当日。

因此，本题正确答案为选项C。