本题考查资源税。

在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域开发应税资源的单位和个人，为资源税的纳税人，应当依照税法规定缴纳资源税。上述单位是指国有企业、集体企业、私有企业、股份制企业、其他企业和行政单位、事业单位、军事单位、社会团体及其他单位。个人是指个体工商户及其他个人。除上述单位和个人以外，进口矿产品或盐以及经营已税矿产品或盐的单位和个人均不属于资源税纳税人。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查城市维护建设税。

城市维护建设税的计税依据，是指纳税人实际缴纳的增值税和消费税税额，不含因进口货物或境外单位和个人向境内销售劳务、服务、无形资产缴纳的增值税和消费税税额。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查资源税。

资源税实行从价计征的，应纳税额按照应税产品的销售额乘以具体适用税率计算。

依据题干数据，甲企业应缴纳资源税=3 000×6%=180（万元）。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查资源税。

开采原油以及在油田范围内运输原油过程中用于加热的原油、天然气，免征资源税。

依据题干数据，甲企业应缴纳资源税=（3 000÷6 000）×2 000×6%=60（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查增值税的纳税人和扣缴义务人、车船税和城市维护建设税。

【选项A错误，选项D正确】境外的单位或者个人在境内发生应税行为，在境内未设有经营机构的，以购买方为增值税扣缴义务人。

【选项B正确】境内单位和个人租入外国籍船舶的，不征收车船税。

【选项C正确】城市维护建设税的扣缴义务人为负有增值税和消费税扣缴义务的单位和个人，在扣缴增值税和消费税的同时扣缴城市维护建设税。

因此，本题正确答案为选项BCD。

本题考查企业所得税税收优惠。

企业综合利用资源，生产符合国家产业政策规定的产品所取得的收入，可以在计算应纳税所得额时，减按90%计入收入总额。

依据题干数据，该企业可以在计算应纳税所得额时减计的收入=400×（1-90%）=40（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查企业所得税的税前扣除。

2025年12月31日之前，对化妆品制造或销售、医药制造和饮料制造（不含酒类制造）企业发生的广告费和业务宣传费支出，不超过当年销售（营业）收入30%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。

依据题干数据，广告费扣除限额=6 000×30%=1 800（万元）＞实际发生的1 000万元，可据实扣除。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查企业所得税的税前扣除。

企业发生的与生产经营活动有关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。

依据题干数据，业务招待费扣除限额1=100×60%=60（万元），扣除限额2=6 000×5‰=30（万元），则业务招待费扣除限额为30万元＜实际发生的100万元，该企业可在税前扣除的业务招待费为30万元。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查企业所得税税收优惠。

企业购置并实际使用《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》《安全生产专用设备企业所得税优惠目录》规定的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的，该专用设备投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免；当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。

依据题干数据，该企业本年度可以抵免应纳税额=1 000×10%=100（万元）。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查企业所得税税收优惠。

对企业出资给非营利性科学技术研究开发机构、高等学校和政府性自然科学基金用于基础研究的支出，在计算应纳税所得额时可按实际发生额在税前扣除，并可按100%在税前加计扣除。

因此，本题正确答案为选项A。