本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于现代服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查会计凭证、会计账簿和会计报表的检查。

外来原始凭证包括进货发票、进账单、汇款单、运费发票等。

【选项A、B、C错误】对内自制凭证有收料单、领料单、支出证明单、差旅费报销单、成本计算单等。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查耕地占用税。

耕地占用税的纳税义务发生时间为纳税人收到自然资源主管部门办理占用耕地手续的书面通知的当日。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查增值税会计科目的设置。

增值税一般纳税人应当在“应交税费”科目下设置“应交增值税”“未交增值税”“预交增值税”【选项C】“待抵扣进项税额”“待认证进项税额”“待转销项税额”【选项A】“增值税留抵税额”“简易计税”【选项E】“转让金融商品应交增值税”【选项D】“代扣代缴增值税”等明细科目。

【选项B错误】“转出多交增值税”为“应交增值税”明细账内的专栏。

因此，本题正确答案为选项ACDE。