本题考查个人所得税的税率。

【选项A错误】综合所得（工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得）适用超额累进税率，税率为3%~45%。

【选项B错误】经营所得适用超额累进税率，税率为5%~35%。

【选项D错误】利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为20%。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查契税。

房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免纳契税，办理免征契税手续。其价值不相等的，按超出部分由支付差价方缴纳契税。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税应纳税额的计算。

按照规定不得抵扣进项税额的不动产，发生用途改变，用于允许抵扣进项税额项目的，按照下列公式在改变用途的次月计算可抵扣进项税额：可抵扣进项税额=增值税扣税凭证注明或计算的进项税额×不动产净值率。

依据题干数据，可抵扣进项税额=100×90%=90（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查会计凭证、会计账簿和会计报表的检查。

外来原始凭证包括进货发票、进账单、汇款单、运费发票等。

【选项A、B、C错误】对内自制凭证有收料单、领料单、支出证明单、差旅费报销单、成本计算单等。

因此，本题正确答案为选项D。