本题考查环境保护税。

纳税人应当向应税污染物排放地的税务机关申报缴纳环境保护税。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于生产生活服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查耕地占用税。

耕地占用税的纳税义务发生时间为纳税人收到自然资源主管部门办理占用耕地手续的书面通知的当日。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查政府预算绩效管理的前提。

目前实行绩效预算管理改革的国家主要采用两种模式：一是绩效评价与预算分配之间没有非常直接的联系，如美国、荷兰、澳大利亚等，这些国家主要以加强管理、提高效率为目的进行绩效评价；二是绩效评价与预算分配之间有非常直接的联系，绩效评价的好坏直接影响拨款的多少，如新西兰【选项C】、新加坡【选项B】等。

因此，本题正确答案为选项BC。