本题考查环境保护税。

纳税人应当向应税污染物排放地的税务机关申报缴纳环境保护税。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税应纳税额的计算。

水路运输的程租、期租业务，属于交通运输服务中的水路运输服务，税率为9%；打捞属于生产生活服务，税率为6%。

依据题干数据，该公司6月应缴纳的增值税=1 090÷（1+9%）×9%+272.5÷（1+9%）×9%+173.31÷（1+6%）×6%-39=83.31（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查环境保护税。

应税污染物的环境保护税计税依据按照下列方法确定：

（1）应税大气污染物按照污染物排放量折合的污染当量数确定。【选项A错误】

（2）应税水污染物按照污染物排放量折合的污染当量数确定。【选项B错误】

（3）应税固体废物按照固体废物的排放量确定。【选项C正确】

（4）应税噪声按照超过国家规定标准的分贝数确定。【选项D错误】

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查公债的发行。

公债发行要遵循的原则包括：景气发行原则【选项A】、稳定市场秩序原则、发行成本最小原则【选项B】以及发行有度原则【选项C】。

因此，本题正确答案为选项D。