本题考查关税的征收管理。

由于纳税人违反规定而造成的少征或漏征的税款，自纳税人应缴纳税款之日起三年内可以追征，并从缴纳税款之日起按日加收少征或者漏征税款万分之五的滞纳金。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查企业所得税税收优惠。

企业从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第1～3年免征企业所得税，第4～6年减半征收企业所得税。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查车辆购置税。

在中华人民共和国境内购置汽车、有轨电车、汽车挂车、排气量超过150毫升的摩托车（以下统称应税车辆）的单位和个人，为车辆购置税的纳税人。购置，是指以购买、进口、自产、受赠、获奖或者其他方式取得并自用应税车辆的行为。

依据题干数据，该公司应缴纳车辆购置税＝3×25×（1+30%）÷（1－9%）×10%＝10.71（万元）。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查车船税。

采用以整备质量为计税标准的有载货汽车、挂车、专业作业车和轮式专用机械车。

【选项A、D错误】采用以辆为计税标准的车辆有乘用车、客车、摩托车等。

【选项C错误】采用以净吨位为计税标准的主要是船舶。

因此，本题正确答案为选项B。