本题考查土地增值税。
开发土地和新建房及配套设施的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本，包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费【选项B】、建筑安装工程费【选项C】、基础设施费【选项A】、公共配套设施费【选项D】、开发间接费用。
因此，本题正确答案为选项ABCD。
本题考查契税。
【选项A、B正确】对于承受与房屋相关的附属设施所有权或土地使用权的行为，按照契税法律、法规的规定征收契税；对于不涉及土地使用权和房屋所有权转移变动的，不征收契税。
【选项C正确】采取分期付款方式购买房屋附属设施土地使用权、房屋所有权的，应按合同规定的总价款计征契税。
【选项D错误】承受的房屋附属设施权属单独计价的，按照当地确定的适用税率征收契税；与房屋统一计价的，适用与房屋相同的契税税率。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查土地增值税。
【选项B错误】纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额之和20%的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额之和20%的，应就其全部增值额按规定计税。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
【选项D错误】自2016年2月22日起，对个人购买家庭唯一住房（家庭成员范围包括购房人、配偶以及未成年子女），面积为90平方米及以下的，减按1%的税率征收契税，面积为90平方米以上的，减按1.5%的税率征收契税。
【选项E错误】个人首次购买90平方米以下改造安置住房，按1%的税率计征契税；购买超过90平方米，但符合普通住房标准的改造安置住房，按法定税率减半计征契税。
因此，本题正确答案为选项ABC。
本题考查土地增值税。
①土地增值税应税收入=10 000（万元）。
②取得土地使用权所支付的金额=1 000（万元）；
房地产开发成本=3 000（万元）；
财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。所以，房地产开发费用=500+（1 000+3 000）×5%=700（万元）；
与转让房地产有关的税金=555（万元）；
对从事房地产开发的纳税人可按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”规定计算的金额之和，加计20%的扣除。所以，财政部规定的其他扣除项目=（1 000+3 000）×20%=800（万元）
扣除项目金额=1000+3000+700+555+800=6055（万元）
③该公司转让房产中获得的增值额=10000-6055=3945（万元）
④增值率=3945÷6055×100%=65.15%。
⑤
级数 | 增值额与扣除项目金额的比率 | 税率（%） | 速算扣除系数（%） |
1 | 未超过50%部分 | 30 | 0 |
2 | 超过50%、未超过100%的部分 | 40 | 5 |
3 | 超过100%、未超过200%的部分 | 50 | 15 |
4 | 超过200%的部分 | 60 | 35 |
确定土地增值税税率为40%，速算扣除系数为5%，应纳土地增值税税额=3945×40%-6055×5%=1275.25（万元）。
因此，本题正确答案为选项A。
