本题考查证券经纪业务。

【选项A正确】在证券经纪业务中，业务关系的建立表现为开户和委托两个环节。

【选项B正确】证券公司不得允许他人以证券公司的名义直接参与证券的集中交易。

【选项C错误】我国证券公司从事的经纪业务以通过证券交易所代理买卖证券业务为主。

【选项D正确】证券公司的柜台代理买卖证券业务主要为在代办股份转让系统进行交易的证券代理买卖。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查证券做市交易业务。

证券做市业务是一种以做市商为中介的证券交易业务。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查证券做市交易业务。

【选项A正确】做市商制度有助于提高股票的流动性，促进证券市场稳定和平衡。

【选项B错误】在做市商制度下，买卖双方不需要等待交易对手出现，只要有做市商出面承担交易对手方即可达成交易。

【选项C正确】做市商制度在我国的探索和运用始于债券市场，并随着我国资本市场的不断发展，逐渐应用到我国多层次金融市场领域。

【选项D正确】对于证券公司而言，做市交易业务开启了全新的业务模式，促进证券公司在推荐业务中更加注重从投资者的视角去谨慎推荐企业，更加注重通过整合业务链条，形成与企业共同成长的良性合作关系。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查证券自营业务。

【选项A正确】证券自营活动有利于活跃证券市场，维护交易的连续性。

【选项B正确】已经在全国中小企业股份转让系统挂牌转让的证券属于我国证券公司从事证券自营投资品种之一。

【选项C正确】证券公司应当对未进行风险对冲的股指期货、国债期货分别按交易规模的20%计算风险资本准备。

【选项D错误】经中国证券监督管理委员会批准经营证券自营的证券公司才能从事证券自营业务。

【选项E错误】注册资本不低于1亿元人民币，净资本不低于5000万元人民币，并经中国证券监督管理委员会批准经营证券自营业务的证券公司才能从事证券自营业务。

因此，本题正确答案为选项ABC。