本题考查发票管理。

已经开具的发票存根联，应当保存5年。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税的征收管理。

纳税人年应税销售额超过规定月份（或季度）的所属申报期结束后15日内按照税法规定办理相关手续；未按规定时限办理的，主管税务机关应当在规定期限结束后5日内制作税务事项通知书，告知纳税人应当在5日内向主管税务机关办理相关手续。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查房产税。

产权所有人、承典人不在房屋所在地的，由房屋代管员或者使用人纳税，按照房产余值计征房产税。房产税应纳税额的计算公式为：应纳税额=房产计税余值（或租金收入）×适用税率，房产计税余值=房产原值×（1-原值减除率）。依据房产计税余值计税的，税率为1.2%。

依据题干数据，乙企业应纳房产税＝2 000×（1－30%）×1.2%＝16.80（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查关税的税收优惠。

特定减免税也称为政策性减免税，主要包括科教用品【选项A】、残疾人专用品【选项B】、加工贸易产品【选项C】、边境贸易进口物资、保税区进出口货物、出口加工区进出口货物、国家鼓励发展的国内投资项目和外商投资项目进口设备等。

【选项D错误】经海关批准暂时进境或者暂时出境的供安装、调试、检测设备时使用的仪器、工具，在进境或者出境时纳税人向海关缴纳相当于应纳税款的保证金或者提供其他担保的，可以暂不缴纳关税，并应当自进境或者出境之日起6个月内复运出境或者复运出境，即暂不缴纳关税。

因此，本题正确答案为选项D。