本题考查企业所得税的应纳税额的计算。

依据题干数据，该企业第1季度应缴纳的企业所得税＝1 000×25%＝250（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查企业所得税的征收管理。

跨地区经营汇总缴纳企业所得税的税款分摊方法为：汇总纳税企业按照税法规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各二级分支机构分摊，各二级分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地全额缴入中央国库或退库；25%就地办理缴库或退库。总机构按公式计算分摊税款：总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%。

依据题干数据，总机构分摊税款＝汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%＝250×50%＝125（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查企业所得税的征收管理。

二级分支机构按公式计算分摊税款：所有二级分支机构分摊税款总额＝汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%。

总机构应按照上年度二级分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各二级分支机构分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。其计算公式如下：

某二级分支机构分摊比例=（该二级分支机构营业收入÷各二级分支机构营业收入之和×0.35）+（该二级分支机构职工薪酬÷各二级分支机构职工薪酬之和×0.35）+（该二级分支机构资产总额÷各二级分支机构资产总额之和×0.30）。

依据题干数据，所有二级分支机构分摊税款总额＝汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%＝250×50%＝125（万元）。

                       B分支机构分摊比例＝9 000÷（9 000＋5 000）×0.35＋220÷（220＋130）×0.35＋3 000÷（3 000＋3 000）×0.30＝0.595。

                       B机构就地分摊预缴的企业所得税＝0.595×125＝74.375（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查企业所得税的征收管理。

依据上题计算结果可知，B机构就地分摊预缴的企业所得税＝0.595×125＝74.375（万元），

                                     C机构就地分摊预缴的企业所得税＝125－74.38＝50.62（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查企业所得税的征收管理。

【选项A错误】企业所得税分月或者分季预缴，由总机构所在地主管税务机关具体核定。

因此，本题正确答案为选项BCD。