针对管理层凌驾于控制之上的风险，注册会计师应当设计和实施以下审计程序予以应对：（1）测试日常会计核算过程中作出的会计分录以及编制财务报表过程中作出的其他调整是否适当（选项A）；（2）复核会计估计是否存在偏向，并评价产生这种偏向的环境是否表明存在由于舞弊导致的重大错报风险（选项C）；（3）对于超出被审计单位正常经营过程的重大交易，或基于对被审计单位及其环境的了解以及在审计过程中获取的其他信息而显得异常的重大交易，评价其商业理由（或缺乏商业理由）是否表明被审计单位从事交易的目的是为了对财务信息作出虚假报告或掩盖侵占资产的行为（选项D）。

注册会计师应当与治理层沟通审计过程中注意到的有关违反法律法规的事项，但不必沟通明显不重要的事项（选项A）；沟通通常采用书面形式，注册会计师将文件副本作为审计工作底稿。如果采用口头沟通方式，应形成沟通记录并作为审计工作底稿保存（选项B）；如果无法确定是否有相关法律法规要求向被审计单位之外的适当机构报告发现的被审计单位的违反法律法规行为，或者无法确定某项违反法律法规行为是否应该向被审计单位之外的适当机构报告，注册会计师通常可以考虑征询相关的法律意见（选项C）。

选项A、C属于与编制虚假财务报告导致错报相关的舞弊风险因素。

穿行测试通常适用于了解内部控制，不用于评估舞弊风险；实质性分析程序是用于发现认定层次重大错报的程序，不用于评估舞弊风险。