选项A，契税在“取得土地使用权所支付的金额”中反映；选项B，增值税属于价外税，不能作为“与转让房地产有关的税金”进行扣除；选项D，房地产企业在转让房地产时缴纳的印花税计入管理费用，在“房地产开发费用”中扣除。

选项A，房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除；选项C，将企业取得土地使用权时支付的契税计入"取得土地使用权支付的金额"扣除。

选项A并没有发生房产权属的转移，不计算缴纳土地增值税，所以也不可以计算扣除其成本费用。

纳税人有下列情况之一的，在计算土地增值税时，需要对房地产进行评估来确定转让房地产收入、扣除项目的金额：（1）出售旧房及建筑物的；（2）隐瞒、虚报房地产成交价格的；（3）提供扣除项目金额不实的；（4）转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。