以协议方式出让的，契税的计税依据为土地出让合同确定的成交价格，具体包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。甲企业受让土地使用权应缴纳的契税=（10000+2000+5000+1200）×4%=728（万元）。

选项ABC属于纳税人应进行土地增值税的清算的情形。

选项C，土地使用权互换、房屋互换，其计税依据为所换取的土地使用权、房屋的价格差额。当互换价格相等时，免征契税；互换价格不等时，由多交付货币、实物、无形资产或者其他经济利益的一方缴纳契税。

选项BD，属于主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的情形。