本题考查耕地占用税。
农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税。 耕地占用税应纳税额的计算公式为：应纳税额=实际占用的耕地面积（平方米）×适用定额税率。
依据题干数据，该农民应纳耕地占用税=200×7×50%=700（元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
房屋所有权交换，房屋交换价值不相等的，按超出部分由支付差价方缴纳契税。房屋互换，契税的计税依据为所互换的房屋价格的差额。
依据题干数据，居民甲需要缴纳契税=20×3%=0.6（万元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
契税的征税对象是发生土地使用权和房屋所有权权属转移的土地和房屋。具体征税范围包括：
①土地使用权出让。【选项D】
②土地使用权转让，包括出售、赠与和互换，但不包括农村集体土地承包经营权和土地经营权的转移。
③房屋买卖赠与、互换。【选项A、C】
【选项B错误】房屋出租没有涉及不动产的产权变化，不属于契税征税范围。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。
依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查土地增值税。
该公司转让房产中获得的增值额=12 000-7 000=5 000（万元）。
增值率=5 000÷7 000≈71.43%
根据土地增值税四级超率累进税率（见下表），确定税率为40%，速算扣除系数为5%。
级数 | 增值额与扣除项目金额的比率 | 税率（%） | 速算扣除系数（%） |
1 | 未超过50%部分 | 30 | 0 |
2 | 超过50%、未超过100%的部分 | 40 | 5 |
3 | 超过100%、未超过200%的部分 | 50 | 15 |
4 | 超过200%的部分 | 60 | 35 |
则应纳土地增值税税额=5 000×40%-7 000×5%=1 650（万元）。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查土地增值税。
①土地增值税应税收入=10 000（万元）。
②取得土地使用权所支付的金额=1 000（万元）；
房地产开发成本=3 000（万元）；
财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。所以，房地产开发费用=500+（1 000+3 000）×5%=700（万元）；
与转让房地产有关的税金=555（万元）；
对从事房地产开发的纳税人可按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”规定计算的金额之和，加计20%的扣除。所以，财政部规定的其他扣除项目=（1 000+3 000）×20%=800（万元）
扣除项目金额=1000+3000+700+555+800=6055（万元）
③该公司转让房产中获得的增值额=10000-6055=3945（万元）
④增值率=3945÷6055×100%=65.15%。
⑤
级数 | 增值额与扣除项目金额的比率 | 税率（%） | 速算扣除系数（%） |
1 | 未超过50%部分 | 30 | 0 |
2 | 超过50%、未超过100%的部分 | 40 | 5 |
3 | 超过100%、未超过200%的部分 | 50 | 15 |
4 | 超过200%的部分 | 60 | 35 |
确定土地增值税税率为40%，速算扣除系数为5%，应纳土地增值税税额=3945×40%-6055×5%=1275.25（万元）。
因此，本题正确答案为选项A。
