本题考查契税。
【选项A、D错误】土地使用权出让、出售，房屋买卖，为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。
【选项B正确】土地使用权赠与、房屋赠与以及其他没有价格的转移土地、房屋权属行为，为税务机关参照土地使用权出售、房屋买卖的市场价格依法核定的价格
【选项C错误】土地使用权互换、房屋互换，为所互换的土地使用权、房屋价格的差额。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。
依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
契税以所有权发生转移的不动产为征税对象，向产权承受人征收的一种财产税。
因此，本题正确答案为选项A。
本题考查耕地占用税。
我国主要的耕地占用税税收优惠措施包括：
①占用耕地建设农田水利设施的，不缴纳耕地占用税。
②军事设施、学校、幼儿园、社会福利机构、医疗机构占用耕地，免征耕地占用税；【选项A、B、C、D】
③铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道、水利工程占用耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税。
④农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分， 免征耕地占用税。
⑤农村烈士遗属、因公牺牲军人遗属、残疾军人以及符合农村最低生活保障条件的农村居民，在规定用地标准以内新建自用住宅，免征耕地占用税。
⑥纳税人因建设项目施工或者地质勘查临时占用耕地，应当依照规定缴纳耕地占用税。
因此，本题正确答案为选项ABCD。
