本题考查契税。
土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。
依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
【选项A、B正确】对于承受与房屋相关的附属设施所有权或土地使用权的行为，按照契税法律、法规的规定征收契税；对于不涉及土地使用权和房屋所有权转移变动的，不征收契税。
【选项C正确】采取分期付款方式购买房屋附属设施土地使用权、房屋所有权的，应按合同规定的总价款计征契税。
【选项D错误】承受的房屋附属设施权属单独计价的，按照当地确定的适用税率征收契税；与房屋统一计价的，适用与房屋相同的契税税率。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查耕地占用税。
纳税人占用基本农田的，应当按照适用税额加按150%征收。
依据题干数据，应纳耕地占用税税额=1.2×10 000×30×150%÷10 000=54（万元）
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查耕地占用税。
【选项D错误】纳税人应当自纳税义务发生之日起30日内申报缴纳耕地占用税。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查土地增值税。
对于个人购入房地产再转让的，其在购入时已缴纳的契税，在旧房及建筑物的评估价中已包括了此项因素，在计征土地增值税时，不另作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除。
因此，本题正确答案为选项C。
本题考查契税。
【选项B错误】自2023年10月1日起，对个人购买保障性住房，减按1%的税率征收契税。
【选项C错误】自2016年2月22日起：对个人购买家庭唯一住房，面积为90平方米及以下的，减按1%的税率征收契税；面积为90平方米以上的，减按1.5%的税率征收契税。
【选项E错误】事业单位按照国家有关规定改制为企业，原投资主体存续并在改制后企业中出资（股权、股份）比例超过50%的，对改制后企业承受原事业单位土地、房屋权属，免征契税。
因此，本题正确答案为选项BCE。
