本题考查契税。
【选项A错误】以自有房屋作股权投入本人独资经营企业，免纳契税。
【选项B错误】经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，互换房屋使用权。所互换房屋的价值相等的不征收契税。
【选项C正确】买房拆料或翻建新房，应照章征收契税。
【选项D错误】房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免征契税，办理免征契税手续。
因此，本题正确答案为选项C。
本题考查契税。
土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。
依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
【选项A、D错误】土地使用权出让、出售，房屋买卖，为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。
【选项B正确】土地使用权赠与、房屋赠与以及其他没有价格的转移土地、房屋权属行为，为税务机关参照土地使用权出售、房屋买卖的市场价格依法核定的价格
【选项C错误】土地使用权互换、房屋互换，为所互换的土地使用权、房屋价格的差额。
因此，本题正确答案为选项B。
本题考查契税。
房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免纳契税，办理免征契税手续。其价值不相等的，按超出部分由支付差价方缴纳契税。所以由丁某交税。
因此，本题正确答案为选项D。
本题考查耕地占用税。
农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分，免征耕地占用税。村民李某2024年经批准搬迁，原住宅地120平方米恢复耕种，新建住宅110平方米，所以李某免征耕地占用税。因此，本题正确答案为选项A。
本题考查土地增值税。
【选项D错误】土地增值税对以继承、赠与等方式无偿转让的房地产，不予征税。
【选项E错误】如果投资联营的企业从事房地产开发，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资联营的不能免征土地增值税。
因此，本题正确答案为选项ABC。
