注册会计师可以和治理层讨论审计重要性的运用，但不宜沟通重要性水平的具体金额，选项B当选。

选项A是首要程序，选项A当选；选项B是可供选择的后续程序；选项C在沟通前需要被审计单位同意；选项D违反职业道德。

财务报表审计并不当减轻管理层或治理层的责任，选项C当选。向治理层报告的事项仅限于注册会计师在审计过程中识别出的值得关注的内部控制缺陷，选项D当选。

审计工作中遇到的重大困难包括：①在提供审计所需信息时管理层严重拖延或不愿意提供，或者被审计单位的人员不予配合（选项A）；②不合理的要求缩短完成审计工作的时间（选项B）；③为获取充分适当的审计证据所需要付出的努力远远超过预期；④无法获取预期的信息（选项D）；⑤管理层对注册会计师施加的限制；⑥管理层不愿意按照要求对被审计单位持续经营能力评估或不愿意延长评估期间。管理层不同意注册会计师在执行审计过程中与前任注册会计师过多的接触并不一定导致注册会计师无法获取充分适当的审计证据，注册会计师还可能通过其他渠道获取相关信息，选项C不当选。