纳税信用A级以外的纳税人尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣（选项D当选）；已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理（选项B不当选）；尚未申报出口退税或者已申报但尚未办理出口退税的，除另有规定外，暂不允许办理出口退税（选项A当选）；适用增值税免抵退税办法的纳税人已经办理出口退税的，应根据列入异常凭证范围的增值税专用发票上注明的增值税额作进项税额转出处理；适用增值税免退税办法的纳税人已经办理出口退税的，税务机关应按照现行规定对列入异常凭证范围的增值税专用发票对应的已退税款追回。

纳税人对税务机关认定的异常凭证存有异议，可以向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，纳税人可继续申报抵扣或者重新申报出口退税（选项C、E当选）。