纳税人提供国内交通运输服务，适用税率为9%；纳税人提供货物保管、装卸搬运服务，属于物流辅助服务，适用税率为6%；国际运输服务适用零税率。

选项A，货物保管收入的销项税额＝55.12÷（1＋6%）×6%＝3.12（万元）。

选项B，装卸搬运收入的销项税额＝93.28÷（1＋6%）×6%＝5.28（万元）。

选项C，国内运输收入的销项税额＝1035.5÷（1＋9%）×9%＝85.5（万元）。

选项D，国际运输收入的销项税额＝0。

选项A，商业企业向供货方收取的返还利润，属于纳税人发生应税交易取得的与之相关的价款，应征收增值税。

选项B，纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。纳税人取得的其他情形的财政补贴收入，不属于增值税应税收入，不征收增值税。

选项C，纳税人采取还本销售货物的，不得从销售额中减除还本支出。

选项A、D，购进货物用于简易计税、免税、集体福利、个人消费（含交际应酬消费），进项税额不可以抵扣。

选项B，购进货物用于对外投资属于增值税应税交易，进项税额可以抵扣。

选项C，发生正常损失，进项税额可以抵扣；发生非正常损失，进项税额不可以抵扣。

（1）航空旅客运输服务可抵扣进项税额＝（43＋2）×9%＝4.05（万元）。

（2）未注明员工身份信息的出租车车票不得抵扣进项税额。

（3）高速公路通行费增值税电子普通发票可抵扣进项税额0.5万元。

（4）桥、闸通行费可抵扣进项税额＝5÷（1＋5%）×5%＝0.24（万元）。

（5）注明员工身份信息的公路长途客票可抵扣进项税额＝3÷（1＋3%）×3%＝0.09（万元）。

（6）准予抵扣的进项税额＝4.05＋0.5＋0.24＋0.09＝4.88（万元）。