该公司计算的土地增值税额不正确。
①要根据配比原则计算当期可扣除的项目金额；
②房地产开发公司在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质量保证金不得计算扣除；
③纳税人能够按转让房地产项目计算分摊利息支出，并能提供金融机构的贷款证明的，其允许扣除的房地产开发费用为：利息+（取得土地使用权支付的金额+房地产开发成本）×5%以内，对于超过贷款期限的加罚的利息不允许扣除；
④房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额；
⑤对从事房地产开发的纳税人允许按取得土地使用权时所支付的金额和房地产开发成本之和，加计20%扣除；
⑥出租部分缴纳的相关税金不得在计算土地增值税时扣除；
⑦计入土地增值税的收入为不含增值税的收入。

正确计算如下：
可扣除的取得土地使用权支付的金额=3500×（1+3%）×70%=2523.5（万元）
可扣除的房地产开发成本=1500×（1-5%）×70%=997.5（万元）
可扣除的房地产开发费用=80×70%+（2523.5+997.5）×4%=196.84（万元）
与转让房地产有关的税金=（9800-3500×70%）/（1+9%）×9%×（5%+3%+2%）=60.68（万元）
可扣除项目金额合计=2523.5+997.5+196.84+60.68+（2523.5+997.5）×20%=4482.72（万元）
增值额=9800-（9800-3500×70%）/（1+9%）×9%-4482.72=47110.4（万元）
增值率=4710.4÷4482.72×100%=105.08%
应缴纳土地增值税=4710.4×50%-4482.72×15%=1682.79（万元）
该公司已缴纳土地增值税1496.16万元，应补缴土地增值税=1682.79-1496.16=186.63（万元）。
该公司应做如下调账分录：
借：税金及附加　　　　　　　　　　　　　　　　186.63
   贷：应交税费——应交土地增值税　　　　　　　　186.63

借：应交税费——应交土地增值税　　　　　　　　186.63

     贷：银行存款　　　　　　　　　　　　　　　　　186.63

出租写字楼占地面积=20000×30%=6000（平方米），应缴纳的城镇土地使用税=6000×4×4÷12=8000（元）=0.8（万元）；
签订房屋租赁合同应缴纳的印花税=120×1‰=0.12（万元）。